Aha, wenn alle Einträge in palette_info.xml auf false gesetzt sind werden keine Palettenabschnitte angezeigt.
Öffnen Sie bitte "Bearbeiten" -> "Palette verwalten". Das anschliessend aufgehende Fenster sollte bei Ihnen ungefähr so aussehen:

Markieren Sie bitte nacheinander die Einträge in der mit "Verfügbare Palettenabschnitte" überschriebenen Liste und Klicken Sie jeweils einmal auf den Pfeil nach rechts. Anschliessend sollten beide Listen befüllt sein:

Sobald Sie das Fenster schliessen, sollte die Palette auf ihre Grundeinstellung zurückgesetzt sein.
Allerdings ist mir nicht klar, wieso das Löschen des C:\Users\zamo_pe\AppData\Roaming\yWorks Verzeichnis nicht ebenfalls dazu geführt hat, dass die Palette in den Originalzustand zurückgesetzt wurde. Haben Sie eventuell das Unterverzeichnis palettes nicht entfernt? Oder haben Sie (bzw. der yEd-Prozess) evt. keine Schreibrechte für dieses Verzeichnis?