Aufgrund der Tatsache, dass es verschiedene "aktuelle" Versionen von Java gibt, sowie den yEd Graph Editor mit und ohne eingebetteter Java Umgebung, ist diese Information leider nicht sonderlich hilfreich.
Bitte geben Sie die exakten Infomationen zu Version, Java Version, Java VM und Profilverzeichnis, die Sie in "Hilfe" -> "Über" finden hier an.
Abgesehen davon sagt die Fehlermeldung, dass Sie entweder keine Schreibberechtigung für das Verzeichnis haben, indem Sie die Datei speichern wollten, oder dieses Verzeichnis (zumindest für die Java Laufzeitumgebung) nicht vorhanden ist. Das wirft natürlich die Frage auf, wohin wollten Sie denn speichern?
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Due to there being several "current" versions of Java and versions of yEd Graph Editor with and without embedded Java runtime environment, your using "actual Java and actual version of yed graph editor" does not provide much useful information.
Please provide the exact details given for Version, Java Version, Java VM, and Profile Directory in "Help" -> "About".
That said, the error message means that you were either trying to write to a directory for which you have no write permissions or trying to write to a directory that does not exist (at least not for the Java runtime environment). This begs the question, to which directory did you want to write?