Welche yEd Version verwenden Sie?
Eigentlich erzeugt yEd's Stammbaumalgorithmus Anordnungen wie in Ihrem Bild gar nicht. Tatsächlich sieht Ihr Bild eher wie ein Resultat des hierarchischen Layouts aus. (Sie können sich davon leicht selbst überzeugen indem Sie "Hilfe" -> "Beispielgraphen" -> "Layout" -> "familytree.graphmly" öffnen und darauf einmal den Stammbaumalgorithmus und einmal das hierarchische Layout - jeweils mit den Grundeinstellungen - anwenden.)
Das bringt mich zu der Frage: Kann es sein, dass die Farbeinstellungen, welche vom Stammbaumalgorithmus verwendet werden um Knotentypen zu erkennen (siehe Reiter "Unterscheide Knotentypen" in den Stammbaumeinstellungen) nicht zu den Farben in Ihrem Diagramm passen?