Seems to me you are looking for yEd's bridge feature. To activate bridges, go to "File" -> "Preferences", switch to tab "Display" and choose a "Bridge Style" that matches the desired visuaklization for edge crossings. Options "Bridge Scaling" and "Crossing Determination Mode" can be used to fine tune bridge behavior.
In der deutschen Version finden sich die oben erwähnten Optionen unter "Datei" -> "Einstellungen" auf dem Reiter "Anzeige". Mit "Brückenstil" kann die Darstellung ausgewählt werden, "Brückenskalierung" und "Kreuzungsbestimmung" ermöglichen weitere Feinabstimmung.