As far as I can tell this is not a yEd error message. This might be a Java framework error message (I cannot reproduce the problem, so I am not sure). However, if it is a Java framework error message, I am afraid there is very litte we can do about it. More specifically, you can try the following workarounds:
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Use "File" -> "Save as" and save to a different location.
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Go to "File" -> "Preferences" , tab "General" and change option "File Chooser Dialog" from "Native" to "Cross-platform" (or vice versa).
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So weit ich das beurteilen kann, handelt es sich hierbei nicht um eine yEd Fehlermeldung. Eventuell könnte es eine Fehlermeldung der Java Laufzeitumgebung sein (ich bin mir nicht sicher, da ich das Problem nicht reproduzieren kann). Falls es sich um ein Problem der Java Laufzeitumgebung handelt, so kann in yEd leider nicht viel dagegen getan werden. Sie können folgendes versuchen:
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Versuchen Sie mit "Datei" -> "Speichern untern" Ihre Datei in ein anderes Verzeichnis zu speichern.
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Ändern Sie in "Datei" -> "Eintstellungen", Reiter "Allgemein" die Einstellung "Dateiauswahldialog" von "Betriebssystemspezfisch" zu "Betriebssystemunabhängig".