Das mittlerweile sehr veraltete GML Format unterstützt nicht alle in yEd konfigurierbaren Eigenschaften von Diagrammelementen. (Die xxxBorderInset Werte sind interne, nicht konfigurierbare Daten der Gruppen und entsprechen nicht den Randgrössen, die in yEd festgelegt werden können.) Das ist auch der Grund, weshalb yEd einen Warnhinweis
anzeigt, wenn Sie ein Diagramm im GML Format abspeichern wollen. Sie müssen Ihr Diagramm im GraphML Format abspeichern, damit Randgrössen von Gruppen beim Speichern berücksichtigt werden.